Keiko Nakata wurde in Japan geboren und begann ihr Orgelstudium bei Keiko Utsumi und Hatsumi Miura. Danach studierte sie bei Tsuguo Hirono und Rie Hiroe an der Tokyo National University of Fine Arts and Music (Tokyo Geidai), die sie mit Bachelor und Master of Music abschloss. Ihre Abschlussarbeit « Eine Studie über die Toccata C-Dur BWV 564 » wurde viel beachtet und erschien 2011 in JAPAN ORGANIST 38. Außerdem studierte sie Cembalo bei Naoya Otsuka und Masaaki Suzuki an der Tokyo Geidai.
Im Jahr 2014 schloss sie ihr Orgelstudium am Conservatoire Régional de Paris als Studentin bei Christophe Mantoux ab, und sie studierte zusätzlich Cembalo bei Noëlle Spieth. Im Oktober 2013 gewann sie den Grand Prix sowie den Prix Spécial für die Darbietung zeitgenössischer Werke beim Internationalen Orgelwettbewerb André Marchal in Biarritz.
Sie ist Organistin an der protestantischen Kirche Yukinoshita in Kamakura, Japan, und Mitglied des Japanischen Organistenverbandes. Außerdem arbeitet sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin an der Tokyo Geidai.